Il territorio comunale si estende su tutto l’Arcipelago di La Maddalena, formato da varie isole e isolotti. La città sorge a sud dell’isola e si affaccia verso il comune di Palau. L’arcipelago è noto anche per essere stato l’ultima dimora dell’Eroe dei Due Mondi Giuseppe Garibaldi che costruì, a Caprera la famosa Casa bianca, oggi casa Museo aperta al pubblico.