Collocata ai piedi della Murgia, Massafra rientra nel Parco naturale regionale Terra delle Gravine e ospita l’oasi WWF del Monte Sant’Elia e, sulla costa, la Riserva naturale Stornara. L’abitato si è sviluppato intorno a due gravine, la gravina di San Marco e quella della Madonna della Scala. Il territorio comunale si affaccia sul mar Ionio con una fascia costiera che va dalla zona di Lido Azzurro fino a Chiatona.
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