Mattinata è adagiata su due colline, Coppa Madonna e Castelluccio. Situata sulla costa meridionale del promontorio del Gargano, si affaccia nel golfo di Manfredonia, nel mar Adriatico. Il tratto di mare che va da Mattinata a Vieste è noto per le sue bianche falesie, per i faraglioni e per i suoi anfratti e grotte. Fa parte della Costa del Gargano.
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