Il centro urbano si erge su uno sperone del Gargano in una zona boscosa non distante dal mare. La natura calcarea del suolo si manifesta in una pluralità di fenomeni carsici, tra i quali la famosa grotta dell’arcangelo Michele. Una delle particolarità geografiche di Monte Sant’Angelo è che il suo territorio include, oltre a terreni montuosi, anche terreni pianeggianti bagnati dal mare, la piana di Macchia frazione di Monte Sant’Angelo. Si affaccia nel mar Adriatico sul golfo di Manfredonia, sulla Costa del Gargano.
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